Los principales humedales de mareas en el estuario amazónico son las aguas abiertas, los bosques, los llanos intermareales lodosos y salinos, y las marismas. El estuario amazónico y la región costera, ya sea que predomine el agua dulce o la salobre, poseen grandes extensiones de bosques de humedales. Debido a que en la mayor parte del área domina la presencia de agua dulce, la mayoría de los bosques de marea que ahí se han desarrollado presentan las mismas especies de árboles que las que existen aguas arriba en los bosques de inundación estacional. En las zonas en donde predomina el agua salobre durante algunos meses del año, existe una predominancia de mangle. También existe una zona de transición, en donde coexisten el mangle y las especies de bosques de inundación de agua dulce. Los bosques costeros de todo tipo son inundados dos veces al día por las mareas. Las mareas vivas ocurren dos veces al mes, alrededor de los días de luna llena y luna nueva, lo que genera una inundación mayor de las islas.
Grandes extensiones de la gigantesca isla Marajó, especialmente el sector occidental, también son inundadas por las mareas. Los bosques de marea dominados por palmeras se desarrollan tierra adentro, fuera del alcance del agua salobre, y son comunes, por ejemplo, en las islas cercanas a Belém y a lo largo de la parte baja del Tocantins, así como en algunos archipiélagos que rodean la isla Marajó. Los bosques de mangle son más abundantes a lo largo de la costa de Amapá y de la amplia boca de la Bahía del Marajó hacia el este hasta la costa de Maranhão.
Los llanos lodosos de marea son hábitats importantes para las especies gracias a la enorme carga de sedimentos que el río Amazonas deposita en el estuario, así como por los efectos del agua salobre traída por las corrientes del Océano Atlántico. Muchos de estos llanos son colonizados por aros gigantes del género Montrichardia, pero también acogen animales acuáticos y semi-acuáticos, incluyendo numerosas aves limícolas, como la espectacular ibis escarlata. Aunque la mayoría de las playas del estuario amazónico están cubiertas de lodo, también se pueden encontrar playas de arena, especialmente en el área de la bahía Marajó. El río Tocantins, de aguas claras, desemboca en el río Pará, que luego ingresa a la bahía, trasladando arena muy fina hacia las orillas que luego se deposita sobre playas que no están cubiertas de barro. Asimismo, se pueden encontrar zonas llanas que están cubiertas por capas de arcilla relativamente gruesas, y que se extraen para la construcción de ladrillos y cerámica. También se pueden encontrar dunas a lo largo de la zona norte de la isla Marajó, que aparentemente se forman a partir de la arena trasladada por la corriente sud-ecuatorial desde la bahía. Finalmente, en el estuario se pueden encontrar también playas rocosas de extensión variada, aunque sólo a lo largo del sector de la isla Marajó que da a la bahía. La roca que conforma estas playas es normalmente llamada canga, que se deriva de los suelos laterita, ricos en hierro y aluminio.