La gran diversidad de la ictiofauna amazónica en los distintos niveles de la cadena trófica parece ser el factor principal que explica su dominio en comparación a los otros grupos de vertebrados. Los peces han tenido éxito dado que pueden aprovechar distintas fuentes de alimentos como frutas, semillas, invertebrados y el detrito. Todos estos elementos se encuentran en los bosques inundables, los humedales dominantes que, por tanto, representan un enorme hábitat para la ictiofauna.

La cuenca amazónica tiene la ictiofauna de agua dulce más rica del mundo pero las pesquerías comerciales explotan solamente un pequeño grupo de estas especies. De las más de 2,000 especies de peces que se conocen, poco menos de 20 especies representa más del 80% de la captura comercial. El principal motivo de esta situación es que las especies migratorias son más fáciles de capturar en grandes cantidades, especialmente cuando forman grandes cardúmenes que se trasladan en los canales de los grandes ríos. Si consideramos la extensión y tamaño de los humedales, la producción pesquera es en realidad poca. A pesar de los elevados niveles de nutrientes en muchos ríos, la elevada turbidez limita la penetración de la luz y por tanto la productividad biológica. Asimismo, hay muchos ríos con buena transparencia pero bajos niveles de nutrientes, por ende, tienen también baja productividad primaria. Finalmente, los bosques inundables también alteran el ingreso de luz al agua, limitando así la producción de fitoplancton, no obstante existe otro tipo de alimento que los peces encuentran asociados a este tipo de bosques.

La red trófica de la llanura de inundación, o las relaciones “depredador-presa” que existen en los ambientes acuáticos son extremadamente complejas debido a la diversidad de alimentos disponible en el sistema acuático y a la diversidad de peces. Sin restarle la importantcia a otras, los peces comerciales más importantes suelen depender en gran medida de una o dos de las siguientes categorías tróficas: peces, detritus, frutos y semillas, artrópodos terrestres, artrópodos acuáticos y algas.

Una especie puede cambiar sus hábitos alimenticios en diferentes etapas de su vida por lo que no es preciso categorizar a una especie únicamente por sus hábitos alimenticios de adulot. Las plantas herbáceas parecen ser de mínima importancia como alimento, aunque se sabe que las algas y los artrópodos que viven en ellos son importantes para los peces jóvenes y adultos. Los bosques inundables producen grandes cantidades de frutas y semillas que caen en el agua y son alimento de muchas de las especies comerciales. Durante la época de inundación muchos insectos, arácnidos y otros artrópodos también caen de los árboles en el agua, que son alimento de cientos de especies de peces. En términos generales, el detrito, las frutas y semillas, y las algas probablemente son las tres categorías de alimento más importante para las poblaciones de peces comerciales de la Amazonía. Otras fuentes de alimento alternativas para las pesquerías, como los crustáceos y moluscos, también tienen una baja productividad en la Amazonía, sin embargo los primeros pueden ser de gran importancia en el estuario.

Crustáceos

La cuenca amazónica tiene una fauna relativamente rica en camarones y cangrejos de agua dulce, cada grupo representado por lo menos con 30 especies a ser explotadas. En promedio, un área de inundación de aguas blancas podría tener 4-6 especies de camarones y de 3-4 cangrejos que históricamente se han utilizado para la comida. Los camarones son explotados a pequeña escala en toda la cuenca del Amazonas, pero, en comparación con el pescado, son de poca importancia comercial, excepto en la región de estuario y en la parte baja del río Tocantins. La pesca camaronera del interior se concentra a lo largo del río Amazonas y su llanura de inundación cerca de Santarém y se centra en dos especies de Macrobrachium. No se sabe hasta qué punto estas pesquerías podrían ampliarse. Ha habido intentos de cultivar camarón en el Amazonas y la comercialización de especies de Macrobrachium parece prometedora. El camarón del estuario es considerado más delicioso y se vende en forma salada en las ciudades del interior. Los cangrejos de agua dulce raramente se comen en la Amazonía, muy probablemente porque son demasiado pequeños. Se utilizan principalmente como cebo para capturar peces.

Moluscos

La producción de moluscos está influenciada principalmente por los bajos niveles de calcio y fósforo y por la presencia de sedimentos en la mayoría de las aguas amazónicas, con excepción de ríos de aguas blancas y tal vez los ríos de aguas claras Tapajós y Xingu. Hay por lo menos una docena de especies de moluscos en bosques inundables. Los más comunes son los caracoles planorbídeos y bivalvos. El mejor indicador de la producción de caracol es la presencia del limpkin (Aramus guarauna), un gran pájaro que se alimenta casi exclusivamente de estos moluscos.

En general el consumo de moluscos por las poblaciones amazónicas es mínimo, aunque en algunas zonas de Perú, son muy apreciados localmente. Además, la arqueóloga Anna Roosevelt del Museo de Historia Natural en Chicago ha demostrado que los indígenas a lo largo de la parte baja del río Amazonas, cerca de Santarém, han explotado y consumido bivalvos. Se han encontrado grandes aglomeraciones de restos de moluscos en antiguos sitios de pueblos antiguos, lo cual no necesariamente significan que los bivalvos fueron más importantes que otras fuentes de proteína, en particular que los peces. Desde un punto de vista biológico no está claro exactamente por qué, dónde y cómo los indios capturaron tantos bivalvos.

Es muy probable que no se le haya dado mucha importancia al uso de bivalvos de agua dulce por las poblaciones amazónicas, sobre todo desde un punto de vista de la acuicultura. Sin embargo, es muy poco probable que los stocks naturales de moluscos puedan abastecer las operaciones comerciales. Algunos de los caracoles planorbídeos de la Amazonia alcanzan tamaños superiores a 15 cm de diámetro, suben a los árboles y arbustos a poner sus huevos fuera del agua a fin de evitar depredadores como peces y otros animales acuáticos. Su supervivencia depende de la vegetación inundable. Estos caracoles probablemente podrían ser cultivados como suplemento alimenticio para peces de piscigranjas.

Históricamente en los trópicos, subtrópicos y regiones templadas cálidas, los teredos (Clase Bivalvia, Familia Teredinidae), o gusanos que comen madera, han sido un gran problema para las naves y barcos de pesca. Pueden alcanzar un metro de longitud y aunque parecen gusanos en realidad son bivalvos (almejas) cuyas conchas están altamente modificadaos y ubicadas cerca de la bica que le sirven como dispositivos de raspado.