Nuestros programas se enfocan alrededor de las áreas temáticas de nuestro trabajo para la conservación de los ecosistemas acuáticos de la Cuenca Amazónica y sus recursos hídricos y pesqueros.
Los programas de la Alianza se organizan por grupos de trabajo según los requerimientos e interés de los participantes. Actúan con autonomía y sus actividades se enmarcan dentro del propósito, los principios y el plan estratégico de la Alianza.