Se considera que el río Amazonas comienza en la confluencia de los ríos Marañón y Ucayali. De los grandes tributarios del Amazonas, el Marañón es el que se encuentra más al oeste de todos. Con sus 1.400 km, el Marañón es el decimoprimer afluente más largo del río Amazonas. Su cuenca abarca 358.000 km2 y es la séptima más grande de la Amazonía.
Las cabeceras del Marañón están aproximadamente a 150 km al norte de Lima y aproximadamente a 100 km del Pacífico. Alrededor del 80% de la cuenca se encuentra en Perú; el otro 20 % se encuentra en Ecuador. Existen nueve regiones del Perú (departamentos) y nueve provincias ecuatorianas en la cuenca del Marañón (las provincias ecuatorianas son el equivalente a los departamentos peruanos y bolivianos, y a los estados brasileños). La mayor parte de drenaje del norte de la cuenca se encuentra dentro del extenso departamento peruano de Loreto.
La mayor parte del río Marañón fluye a través de un valle interandino estrecho y alto. Sólo los últimos 600 km están en las tierras bajas de la Amazonía, por debajo de los 300 msnm. Antes de dejar los Andes, el Marañón forma una serie de rápidos, siendo los más espectaculares los que ocurren en el Pongo de Manseriche, un paso estrecho y encañonado que se encuentra entre los 177-145 msnm. La mayor parte del río Marañón no es navegable, cualquiera sea el tamaño de la embarcación.
El afluente más largo del río Marañón es el Huallaga, que tiene cerca de 1.000 km de largo y fluye entre la Cordillera Central y la Cordillera Azul, en el Perú. Sólo la parte baja del río es navegable. Los otros grandes afluentes del norte de la cuenca–el Pastaza, el Tigre, el Morona y el Santiago- se originan en Ecuador. Todos ellos tienen menos de 700 km de largo. El Pastaza, el mayor, tiene cabeceras cerca del famoso volcán Cotopaxi, en Ecuador.
El bajo Marañón es turbio, aun cuando en la mayor parte de la región interandina el mismo río posee aguas claras. Todos los grandes afluentes del Marañón, aguas abajo de las estribaciones andinas, llevan una elevada carga de sedimentos, aún cuando en su recorrido andino todavía poseen aguas claras (excepto durante las tormentas fuertes). El drenaje norte del Marañón tiene numerosos afluentes de aguas negras, entre los ríos Santiago y Tigre. Las secciones inferiores de los afluentes del Marañón son meándricas y tienen grandes llanuras de inundación. La fluctuación del nivel del río Marañón en la cuenca baja alcanza aproximadamente 8,5 metros, similar a la del Amazonas en las cercanías de Iquitos.
Áreas protegidas
Sólo dos grandes áreas han sido designadas para la protección de la cuenca del Marañón. La Reserva Nacional Pacaya-Samiria, y la Zona Reservada Santiago-Comaina.
La Reserva Nacional Pacaya-Samiria, que en su momento fue el área protegida más grande del Perú, y hoy es la segunda, luego del Parque Nacional Alto Purús, representa la llanura de inundación o bosque inundable bajo protección más grande de la cuenca del Amazonas. Está situada entre la confluencia de los ríos Marañón y Ucayali. La reserva toma el nombre de dos ríos más pequeños que se encuentran en su interior. La mayor parte de la reserva se encuentra dentro de la cuenca del Marañón. Abarca aproximadamente 20.800 km2, casi todos correspondientes a la llanura de inundación. Dentro de Pacaya-Samiria hay por lo menos 85 lagos. La reserva está conformada básicamente por ecosistemas de pantanos de palmeras (especialmente Mauritia flexuosa) y bosques mixtos inundables.
La reserva, a lo largo de los años, ha sufrido un proceso selectivo de tala, pero la deforestación a gran escala ha sido relativamente menor. Pacaya-Samiria se estableció principalmente para proteger y gestionar la fauna acuática, ya que sus lagos abastecen de peces a los grandes mercados de Nauta e Iquitos. Entre 75.000 y 100.000 personas viven en pueblos y ciudades alrededor de la reserva. La mayoría de ellas, sin embargo, viven en tres grandes poblados: Nauta, a orillas del río Marañón; Lagunas, en el río Huallaga, cerca de su confluencia con el Marañón; y Requena en el río Ucayali. La población dentro de la reserva es escasa –la mayoría de las comunidades tienen menos de 100 personas- e incluyen una minoría de grupos indígenas. La mayoría de los residentes de Pacaya-Samiria practican la agricultura de subsistencia, la pesca y la caza y recogen frutos de palmeras para el consumo y su posterior venta en los centros urbanos.
La Zona Reservada Santiago-Comaina ocupa una gran área entre los ríos Marañón y Morona, y la parte más alta de la Cordillera del Cóndor. La Cordillera del Cóndor es una región montañosa que Perú y Ecuador se han disputado en enfrentamientos militares hasta en tres ocasiones. Un tratado de paz puso fin a la disputa en 1998, y parte de este tratado obligó a ambos países a establecer áreas protegidas en la Cordillera del Cóndor.
La cuenca del Marañón tiene numerosas áreas indígenas, pero están sumamente desconectadas unas de otras y, comparadas con las existentes en Brasil, son relativamente pequeñas.
Usos e impactos
La deforestación más fuerte en la cuenca del Marañón ocurre en la cuenca del Huallaga (una importante zona agrícola), en zonas de carretera cercanas a Iquitos y en las zonas de cabecera en Ecuador.
La cuenca del Marañón es rica en minerales e hidrocarburos y se han otorgado muchas concesiones para su aprovechamiento. Hay pozos de petróleo tanto al norte como al sur del río Marañón. El Oleoducto Nor-Peruano cruza el extremo sureste de la Zona Reservada Santiago-Comaina. Los ductos transportan petróleo crudo de las regiones de la selva, a través de los Andes, a las refinerías del departamento costero peruano de Piura. Un ramal del Oleoducto Nor-Peruano, en la Reserva Nacional Pacaya-Samiria, sigue el curso del Marañón y se encuentra con el conducto principal norte, justo río abajo del Pongo de Manseriche. Allí, el oleoducto cruza el río Marañón y continúa su curso por una corta distancia, luego atraviesa los Andes. El Oleoducto Nor-Peruano tiene una capacidad de traslado de 200,000 barriles por día.
El Oleoducto Nor-Peruano atraviesa zonas de los Andes susceptibles a terremotos y deslizamientos de tierra. En 1999 el oleoducto se rompió, y fue reparado inmediatamente. En el 2000 una barcaza que transportaba crudo en la Reserva Nacional Pacaya-Samiria encalló y derramó aproximadamente 5,500 barriles de petróleo en el río Marañón, aparentemente el derrame fue controlado y no se reportaron impactos a gran escala aguas abajo.
Aparte de las pequeñas represas existentes en las zonas más altas y que son utilizadas principalmente para el almacenamiento de agua e irrigación, la única represa relativamente grande (400+ MW) es la represa Chaglla, ubicada en el río Huallaga, a unos 1.200 metos de elevación y que ya terminó de construirse. A inicios de septiembre 2015 se inició el llenado del embalse, el cual inundadó de manera permanente 17 km del río Huallaga. Se ha propuesto la construcción de muchas más represas en la zona, la mayor de las cuales sería la del Pongo de Manseriche que, de concretarse, sería además la más grande del Perú.
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