Tanto indígenas como las nuevas generaciones que decidieron vivir en la Amazonia luego de la conquista le han dado nombres específicos a cada tipo de humedal, lo que puede considerarse como una especie de clasificación local. Los tipos de agua (aguas blancas, aguas negras y aguas claras) y la vegetación, son usualmente las dos principales características que se utilizan para realizar estas clasificaciones locales. Solamente luego de una mayor disponibilidad de imágenes satelitales, especialmente después del año 2000 que redujeron sus precios y aumentó el número de usuarios, que fue posible para los académicos entender mejor la extensión de las inundaciones en la cuenca amazónica y distinguir los principales tipos de humedales. Esto a su vez trajo consigo el incremento porcentual de las áreas reconocidas como humedales en la cuenca amazónica, de entre 2-4% en la década de 1970 hasta 12-14% en el 2014, dependiendo en realidad de la definición de humedal que se utilizase. En el 2010, John Melack y Laura Hess presentaron la primera clasificación moderna que incluía casi toda la extensión de la Amazonía, excepto los Andes, el estuario y la cuenca Tocantins. Esta clasificación está basada principalmente en los tipos de vegetación como una aproximación para distinguir los tipos de humedal. El estuario y la cuenca Tocantins actualmente han sido incluidos en la clasificación. La clasificación Melack-Hess, la cual se encuentra actualmente in un Sistema de Información Geográfica (SIG), puede ser adaptada fácilmente a la clasificación de humedales de la Convención Ramsar.
Otra de las clasificaciones ampliamente utilizadas fue desarrollada por el Grupo de Trabajo de Ecología Tropical del Instituto Max Planck (encabezado por Wolfgang Junk). Ésta se basa en criterios climáticos, hidrológicos, químicos y biológicos (especialmente en lo relacionado a plantas vasculares), pero estructura su nivel jerárquico más alto en función a los regímenes de inundación. La jerarquía de clasificación empieza con dos clases: 1) humedales con niveles de agua relativamente estables; y 2) humedales con niveles de agua oscilantes. Con diferencias notables con relación a la clasificación Ramsar, la del Instituto Max Planck está determinada principalmente por los niveles de agua, dejando a las llanuras de inundación como una subclase principal. La clasificación Ramsar no considera a las llanuras de inundación como un tipo de humedal, aunque varios de los tipos de humedales que identifican se desarrollan sobre las llanuras de inundación. Finalmente, la clasificación del equipo del Instituto Max Planck no considera las áreas abiertas de ríos y arroyos como un tipo de humedal, lo que genera que en dicha clasificación se encuentren áreas de humedales relativamente desconectadas entre sí. Por su parte, Ramsar sí considera a los ríos y arroyos como un tipo de humedal, lo que es extremadamente útil en términos ecológicos, particularmente porque destaca la conectividad de los humedales y la migración de peces.
La clasificación mencionada líneas arriba debe ser considerada como uno de los primeros pasos para desarrollar clasificaciones con fines de regulación, sobre las cuales las políticas ambientales puedan basarse. Dado el historial y/o la ausencia de regulación sobre humedales en la cuenca amazónica, sería adecuado empezar por construir clasificaciones relativamente simples y básicas. El principal reto será definir a qué escala político – administrativas podrán ser aplicadas (internacional, nacional, estatal/departamental, municipal o indígena, entre otras).