La principal zona de pesca comercial en la cuenca del Amazonas tiene algunas cataratas mayores. Solamente aquellas del río Madeira y del río Caquetá han sido de importancia para la pesca comercial.
La mayor parte de la cuenca del Amazonas está ubicada a menos de 300 msnm en donde existen por lo menos 40.000 km de río navegable, lo cual da una buena idea de la dimensión de los causes y la ausencia de obstáculos. En dirección aguas arriba las primeras grandes cataratas, rápidos o cachuelas que existen en los 12 ríos más grandes de la cuenca son las del río Xingu cerca del estuario. Los rápidos del Xingu están aproximadamente 150 km arriba de la desembocadura del río Xingu. Aunque algunas especies parecen ser capaces de pasar estos rápidos, sus poblaciones son pequeñas y no representan grandes pesquerías.
Los siguientes grandes rápidos son los del río Madeira que comienzan justo aguas arriba de Porto Velho. Los rápidos del Madeira consisten de 16 cataratas ubicadas en una sección de más de 360 kilometros del río, que abarca sobre todo en Brasil y un pequeño segmento en Bolivia. Aunque los rápidos del río Madeira son una barrera biogeográfica para muchos grupos de animales, tales como el manatí del Amazonas, los delfines y varios grupos de peces, incluyendo el gran paiche (Arapaima spp.) y los yaraquís (Semaprochilodus spp.). Muchos peces migratorios, sin embargo, consiguen atravesar esta sección de aguas turbulentas durante sus migraciones anuales. Los rápidos de Santo Antônio y Jirau ahora bloquean las migraciones de peces, y aunque en Santo Antônio se ha construido un sistema de canal paralelo para el paso de los pecesen todavía no está claro si funciona de manera eficiente.
Los rápidos del Madeira, y en particular la más grande: La Cachuela de Teotônio, fueron fuertemente explotados en la pesca de los bagres migratorios en la década de 1960. Tradicionalmente se utilizaban harpones, atarrayas, redes agalleras y anzuelos para capturar los bagres que se desplazaban aguas arriba. El dorado fue la especie capturada más importante. Las mayores capturas en Teotônio se hicieron en la década de 1970, logrando inclusive exportar las capturas a otras regiones de Brasil. A fines de 1980, las dragas mineras de oro se habían apoderado de estos rápidos. Los pescadores informaron que el gran número de dragas en el Madeira durante los años 1980 (Gold Rush) impidieron las migraciones de los bagres y la pesca comercial se detuvo en gran medida. Los pescadores también se sintieron atraídos por las actividades de extracción de oro. Las pesquerías en Teotônio han desaparecido porque la nueva represa de Santo Antônio ha dejado sumergidas las cataratas. Las operaciones mineras de oro continúan, pero se encuentran en su mayoría en Bolivia cerca de la última de las cataratas del río Madeira, la Cachuela de Esperanza.
Los otros rápidos que han sido de gran importancia para la pesca comercial en la Amazonía son los conocidos como Chorro de Araracuara en el río Caquetá, en Colombia. Los grandes bagres son las especies más importantes. Las operaciones son dirigidas desde La Pedrera y la mayor parte de las capturas va hacia Bogotá. Se utilizan principalmente harpones que son lanzados desde las rocas en las orillas, y también se usan anzuelos y líneas de pescar.
Existen otras cachuelas o rápidos más pequeños en la Cuenca Amazónica que son de poca importancia para las pesquerías comerciales. Las pesquerías en los rápidos de las partes altas de Rio Negro todavía utilizan algunos aparejos tradicionales de los indígenas, como las trampas y en algunos casos sustancias que agregan al agua. En contraste a las pesquerías comerciales en los rápidos, que usualmente explotan especies de más de 30 cm de largo, los grupos indígenas usualmente pescan especies pequeñas de tamaños menores a los 5 cm de largo. Estas pesquerías representan una excelente oportunidad para entender no solamente la pesca indígena sino también los patrones de migración de especies pequeñas, de las cuales existe casi nula literatura o referencia.
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