Con cerca de 49.000 km2, Marajó es la isla continental más grande del mundo. De hecho, es más grande que cualquier isla del Caribe, con excepción de Cuba y La Española (República Dominicana y Haití), llegando a tener más de cuatro veces el tamaño de Jamaica, y cinco más que el de Puerto Rico. Inclusive, algunos países europeos, como Bélgica y Suiza, son más pequeños que la isla Marajó.
Geográficamente, la isla Marajó está naturalmente dividida en dos mitades: la oriental, que cuenta con sabanas relativamente grandes, y la occidental, con extensos bosques. La mayor parte de esta isla gigante está sujeta a inundaciones estacionales o de marea. Numerosos ríos de marea de menos de 100 km de largo cruzan la región boscosa del lado occidental. El interior oriental de Marajó forma una enorme cuenca que recibe agua de lluvia e inunda el área entre seis y ocho meses del año. Los enormes bosques inundados de Marajó están florísticamente relacionados a los bosques de la planicie inundable del río Amazonas. Los manglares, que probablemente representen menos del 10 % de toda el área de bosques inundables en Marajó, se encuentran principalmente a lo largo de la costa norte, y tierra adentro, a lo largo de la bahía de Marajó.
Tanto la población indígena, como los colonizadores portugueses y los ganaderos brasileños, han ocasionado grandes impactos sobre los paisajes de Marajó, especialmente en las sabanas orientales. Estas sabanas han sido incendiadas por siglos, si es que no miles de años. De hecho, los portugueses reportaban que la población indígena utilizaba fuego para acorralar a las tortugas durante la estación seca, y esta práctica aún continúa. En ese sentido, es posible que la mayor parte de las sabanas del lado oriental de Marajó se hayan extendido como consecuencia de esta práctica de quema. Los bosques que han sobrevivido, como aquéllos dominados por las palmeras de pantanos, han tenido quizás la suficiente suerte como para escapar. Sin embargo, con la expansión de la ganadería moderna, el ganado vacuno y los búfalos de agua atraviesan estos bosques de pantano y destruyen las semillas, los plantones y los árboles jóvenes, poniendo de igual manera en riesgo estos ecosistemas.
Arari es el lago más grande de la isla Marajó, y el centro de la actividad ganadera y pesquera. El río Arari, cuya desembocadura se encuentra exactamente al frente de la ciudad de Belén, conecta el lago superficial a la bahía de Marajó. Un canal de la parte norte de Marajó, el Canal da Tartaruga (Canal de la Tortuga), fue excavado en la década de 1950 para permitir el paso de barcos entre Belén y Macapá, cerca de la desembocadura del río Amazonas. El canal, sin embargo, empezó a drenar el lago Arari, lo que obligó a construir una presa de barro para asegurar la pesca local. La región del lago Arari ha sido casi completamente deforestada y los pastos de la sabana son mantenidos por el fuego. Durante la temporada de inundaciones, el río Arari se une a una vasta capa de agua que inunda el interior oriental de la isla Marajó, y una especie de bagre acorazado habita el fondo del canal, llamado tamoatá (Hoplosternum littorale), domina la actividad pesquera del lago Arari. La alta producción de estos bagres podría estar parcialmente relacionada con la presencia de heces de ganado, que fertiliza el lago.
Al norte de las sabanas, sobre la mitad oriental de la isla Marajó, se encuentran inmensos bosques de palmeras sobre áreas que permanecen empantanadas la mayor parte del año. Las palmeras de buriti o aguaje (Mauritia flexuosa) y de açaí o huasaí (Euterpe oleracea) dominan estos bosques. El principal producto comercializado del açaí es el palmito, cuya producción ha necesitado inclusive de helicópteros para transportar lo desde áreas de muy difícil acceso. El ganado invade los bosques de palmeras durante la estación seca y cuando, en la temporada de lluvias, la profundidad del agua no sobrepasa los 50 centímetros (cm).
Los bosques de marea del lado occidental de la isla Marajó han soportado una presión muy fuerte debido a la presencia de especies maderables. Actualmente, vienen operando más de 200 aserraderos en la región de Breves, al oeste de la isla. La tala rasa no es comúnmente practicada. Sin embargo, durante las épocas de marea alta o durante la temporada de lluvias, se seleccionan determinadas especies para extraerlas flotando de los bosques. Las especies más valoradas son usualmente taladas hasta que no queden árboles extraíbles en pie, en cuyo momento la siguiente especie más valorada se convierte en el objetivo. Los árboles extraíbles de virola (Virola surinamensis), por ejemplo, han sido extensamente talados, por lo que luego, otras especies, como el jabillo (Hura crepitans), empezaron a ser extraídas. A largo plazo, el impacto de la tala dependerá de cuántas especies comercialmente valiosas queden en pie.
Aunque el estado de Pará considera a la isla Marajó como una unidad de conservación, no existen actualmente parques o reservas protegidas sobre la isla o sus alrededores. El ecoturismo ha sido propuesto como una alternativa estratégica de manejo para Marajó, dado que la isla era una zona importante de alimentación de aves limícolas. Sin embargo, las colonias de aves desaparecieron, y no se le ha otorgado protección formal a las zonas en donde aún quedan algunos grupos remanentes de estas aves. En ese sentido, si el ambiente de Marajó y sus habitantes van a ser protegidos, se tendrán que buscar estrategias diferentes de manejo.