El mundo herbáceo
Las ciénagas son usualmente consideradas como humedales con vegetación herbácea acuática, ya sea enraizada o no, con una eventual presencia de árboles y arbustos, aunque no de manera dominante. A las ciénagas también se les llama pantanos o marismas en español, y en portugués pântanos o charcos, no obstante estos términos no son muy utilizados en la Amazonía. Es muy difícil distinguir las comunidades de las ciénagas de los bosques de humedales, ya que la vegetación de la ciénaga crece y se entrelaza con los árboles en las llanuras de inundación o a lo largo de las riberas de los ríos o lagos. Sin embargo, su presencia puede ser detectada a través del uso de imágenes satelitales, y las principales áreas en donde se desarrollan pueden ser cuantificadas durante los períodos de crecida y estiaje. Para fines de manejo, las ciénagas probablemente deben ser manejadas conjuntamente con los bosques de humedales, dada su proximidad espacial.
En la Amazonía, las ciénagas son más comunes en las llanuras de inundación de aguas blancas, donde hay suficientes nutrientes para soportar grandes extensiones de praderas flotantes, formadas por plantas herbáceas enraizadas o suspendidas sobre el agua. Sin embargo, también son comunes en las áreas de sabana que son inundadas por el agua de lluvia local, y aunque reciben relativamente pocos nutrientes de ésta, sí poseen suficientes nutrientes desde suelos no aluviales. Algunos ríos de aguas negras y de aguas claras también permiten la formación de ciénagas, aunque éstas son menos desarrolladas y menos productivas que las que se forman a partir de los ríos de aguas blancas. Durante las inundaciones, parte de la vegetación herbácea de las ciénagas formadas en las llanuras de inundación de aguas blancas, pueden crecer entre 20 y 30 centímetros por día, mientras acompañan el ascenso del nivel de las aguas. Después de alcanzar entre los 4 y 6 metros, la vegetación herbácea se desprende del suelo y empieza a flotar. Durante la estación seca, las ciénagas se contraen considerablemente, aunque algunas especies herbáceas sobreviven a esta fase enraizadas al suelo. Las praderas flotantes que se encuentran en las ciénagas de las llanuras de inundación de aguas blancas se reconocen como uno de los hábitats acuáticos más productivos de la cuenca amazónica. A su vez, son biológicamente importantes para muchas especies de animales vertebrados e invertebrados. Por ejemplo, funcionan como criaderos naturales para muchas especies migratorias de peces.
Luego que las llanuras de inundación han sido deforestadas, las condiciones de luz estimulan la expansión de las comunidades de plantas herbáceas. Esto es especialmente evidente en la llanura de inundación del río Amazonas, aguas abajo desde su confluencia con el río Negro, aunque probablemente haya ocurrido también en lo que actualmente son las sabanas, tales como las que se encuentran al este de Bolivia, en donde ocurrió la mayor modificación de los humedales en tiempos pre-colombinos.
Fuera de las llanuras de inundación, sobre las sabanas también se encuentran ciénagas extensas que se llenan de agua durante la estación lluviosa. Aunque dominadas por vegetación herbácea, casi siempre presentan arbustos dispersos, y frecuentemente árboles, especialmente en los límites con los arroyos. Las sabanas normalmente son inundadas por agua de lluvia. Las más notables son las de los Llanos de Mojos, al este de Bolivia, las de la isla Bananal, entre los ríos Tocantins y Araguaia, y las sabanas de Roraima, en la cuenca del río Branco.