El sistema fluvial del Amazonas posee numerosas cabeceras o nacientes en los Andes. Algunos de ellos nacen a elevaciones de 4.000 y 5.000 metros sobre el nivel del mar.
Por lo general, el curso inicial de estas cabeceras se encuentra en zonas áridas donde la humedad, empujada por los vientos del este, es bloqueada por las altas cadenas montañosas. A pesar del terreno escarpado en donde se ubican, existen pocos rápidos y cataratas a lo largo de los ríos andinos; sin embargo, pueden encontrarse numerosas y espectaculares cataratas en los arroyos que drenan las pendientes más empinadas.
El nivel de agua fluctúa según las precipitaciones de la zona y no hay inundaciones prolongadas. Durante la estación seca, la transparencia del agua puede llegar hasta los 5 metros en los pozos, aunque la profundidad promedio es considerablemente menor. Sobre los 3.000 msnm la temperatura del agua es generalmente menor a 15ºC en comparación a los 24 o 28ºC de las llanuras amazónicas.
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Pesca en los ríos de los Andes
Arriba de los 2.500 msnm aproximadamente en casi todas las tierras altoandinas desde Colombia hasta Argentina, la trucha arco iris (Onchorhynchus mykiss) domina la poca fauna acuática existente. Muchos riachuelos han sido represados para establecer criaderos de trucha y es posible que esta especie exótica sea responsable de la reducción y casi extinción de otras especies locales en muchas zonas de cabeceras. Hay indicios de que la trucha se viene adaptando lentamente a aguas más cálidas y a menores elevaciones, quizás tan bajas como 1.200 msnm en los Andes peruanos. La trucha requiere elevados niveles de oxígeno y aguas frías donde hay más contenido de oxígeno. Las redes tipo atarraya y las líneas con anzuelos son los aparejos comúnmente utilizados para capturar truchas. Existe poca información sobre este tipo de pesquería de pequeña escala, y por lo general parece ser solo de subsistencia.
Peces migratorios de la Amazonía y pesca
El piedemonte andino de la Cuenca Amazónica constituye una importante zona de desove para por lo menos 20 especies de bagres migratorios de largas distancias y carácidos migratorios de mediana distancia. Algunas especies de charácidos como el bocachico (Prochilodus nigricans), gamitana (Colossoma macropomum), sábalo (Brycon amazonicus), and paco (Piaractus brachypomus) migran aguas arriba durante la temporada anual de inundaciones para desovar en el piedemonte andino, aunque estas poblaciones en general son relativamente más pequeñas comparadas con las existentes aguas abajo. Se piensa que estas poblaciones son residentes de la sección occidental de la Cuenca Amazónica, ubicada a no más de 400 km de los Andes.
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Las pesquerías en los Andes no están controladas. En ciertas zonas, la dinamita es el método más común para la pesca en los pozos de las estribaciones andinas. Los venenos o tóxicos (barbasco) han sido utilizados por los indígenas durante mucho tiempo y se cree que en algunas áreas esto puede haber causado incluso mayor daño que la dinamita en las poblaciones de peces. Las redes tipo atarraya también son comunes y se emplean con gran eficiencia para la pesca nocturna en aguas claras. La pesca con anzuelo es usada para capturar una gran variedad de especies. Aparentemente, hacer trampas de rocas es una técnica ancestral empleada para acorralar a los peces que migran aguas arriba. Las pesquerías en estas trampas han sido estudiadas en las zonas altas del río Pachitea, un afluente del río Ucayali, y podría ser un método ideal para estudiar las migraciones de peces en algunos ríos de los Andes. Los grandes bagres migratorios son pescados solo en algunas localidades de los Andes. La más importante se ubica cerca de la confluencia de los ríos Tambo y Urubamba, que juntos forman el río Ucayali. Algunos pescadores de redes agalleras de deriva explotan poblaciones adultas de dorado, tabla barba y otros bagres durante sus migraciones río arriba para desovar en la estribaciones andinas.