Desde las llanuras de inundación hasta los elevados Andes
En la cuenca amazónica se encuentran pocos lagos de gran extensión rodeados completamente por tierras no inundables. Sin embargo, algunas secciones de los ríos con muy poca velocidad de flujo pueden cumplir estas funciones. Existen básicamente dos tipos de lagos en la cuenca amazónica, clasificados en función a la elevación a la que se encuentran. Los primeros son los lagos andinos, que se ubican usualmente en áreas por encima de los 3,500 metros sobre el nivel del mar. El lago más grande en los Andes es el Titicaca, pero no forma parte de la cuenca amazónica. Por lo tanto, el lago más grande de la cuenca amazónica es el lago Junín, ubicado en la parte central del Perú, en la cuenca alta del rio Ucayali. Adicionalmente, existen cientos de pequeños lagos, usualmente denominados lagunas, que son alimentados en parte por los glaciares.
Los cuerpos de agua abiertos que recorren las llanuras de inundación de la Amazonía forman el segundo tipo de lago existente en la cuenca. Este tipo de lago a su vez se origina de dos maneras. La primera de ellas en los ríos meándricos, como el Ucayali, el Purús y el Juruá, cuando el curso del río erosiona la base de un meandro y forma un nuevo canal por donde discurre el agua, generando que el meandro quede bloqueado y aislado del curso principal. Este meandro desconectado origina lo que se denomina un “lago de herradura”, por la forma en la que queda luego de su separación del curso principal. La segunda manera en la que se forman los lagos en las llanuras de inundación se da en las crecidas de los ríos de mayor tamaño, cuando el agua invade la llanura a una extensión y profundidad suficientes como para evitar que los bosques la colonicen. Un ejemplo muy claro de este tipo de proceso ocurre en el propio río Amazonas, principalmente en la cuenca baja, que permite que se formen lagos muy grandes, como los cercanos a Santarém, que pueden alcanzar áreas mayores a los 50 km2 aún durante la temporada de estiaje. Este mismo proceso se da en la sabana, en donde los lagos más grandes, al este de Bolivia, son el lago Rogaguado y el lago Ginebra, en los Llanos de Mojos.
Cabe señalar que en la cuenca amazónica también pueden formarse lagos estacionales, siendo ésta además una categoría reconocida por la Convención Ramsar. Estos lagos estacionales se forman igualmente sobre las llanuras de inundación, las sabanas, y en algunas zonas más secas y elevadas en los Andes.