La Iniciativa Aguas Amazónicas nació en 2016 como resultado de años de trabajo y amplia colaboración para entender y conservar los ecosistemas acuáticos de la Amazonía. En 2016 WCS convocó a los participantes de la “Conferencia Internacional Aguas Amazónicas”, quienes compartían conocimiento, experiencia y preguntas fundamentales sobre la necesidad de un enfoque de manejo integrado de cuencas para la gestión de áreas protegidas, el manejo sostenible de pesquerías, y la mitigación de impactos de las inversiones de infraestructura. Varios de ellos también colaboraban ya para dar respuesta a preguntas científicas fundamentales para este enfoque integrado de cuencas. La conferencia permitió unir personas y organizaciones con experiencias, calificaciones e intereses diversos, llevándonos hacia una visión compartida para una sola cuenca: la Cuenca Amazónica. La conferencia cerró con la firma de la Declaración Conjunta Iniciativa Aguas Amazónicas estableciendo 7 objetivos específicos, y con el lanzamiento de la página web www.aguasamazonicas.org.

La misión de la Iniciativa Aguas Amazónicas es coordinar acciones basadas en ciencia para la incidencia en políticas públicas, y también en estrategias de responsabilidad socioambiental del sector privado. Busca conservar la conectividad de los ecosistemas acuáticos de la Cuenca Amazónica y enfrentar amenazas a los mismos — especialmente aquellas amenazas que necesitan acción colectiva a múltiples escalas, incluyendo cuencas transfronterizas y la Cuenca Amazónica entera. Su valor agregado es la posibilidad de un trabajo articulado entre organizaciones indígenas y de la sociedad civil, entidades de gobierno, universidades y centros de investigación, sector privado y organismos multilaterales para alcanzar resultados duraderos a gran escala.