FAUNAGUA fue creada el año 2004, como una Organización No Gubernamental, de carácter social no lucrativa y con autonomía propia. Obtuvo su personalidad jurídica Nr. 290/04 (departamento de Cochabamba) el mismo año, y desde entonces ejecutó una serie de proyectos de investigación orientada al desarrollo sostenible y manejo de los recursos hidrobiológicos y los humedales de Bolivia. Desde el año 2015 amplió su accionar y ha realizado estudios y proyectos sobre aprovechamiento sostenible de recursos naturales, manejo integral de agua dentro de un entorno espacial de cuenca, manejo de áreas protegidas, territorios indígena y campesinos, género e incidencia pública.
